Paja Jovanović je ostavio značajan trag u svetu slikarstva, a neki od njegovih najpoznatijih radova uključuju:
1. „Seoba Srba“ (1896):
– Veliko istorijsko platno koje prikazuje Veliku seobu Srba pod vođstvom patrijarha Arsenija III Čarnojevića. Ovo delo je jedno od najpoznatijih srpskih istorijskih slika.
2. „Krunisanje cara Dušana“ (1900):
– Prikazuje krunisanje cara Dušana Silnog, jednog od najmoćnijih vladara srednjovekovne Srbije. Slika je izrazito detaljna i odražava Jovanovićevu veštinu u prikazivanju istorijskih scena.
3. „Konstantin Filozof“ (1902):
– Ovo delo prikazuje cara Konstantina VII Porfirogenita, vizantijskog cara i istoriografa. Jovanović je uspeo da prenese ozbiljnost ličnosti koju je portretisao.
4. „Prokleta avlija“ (1895)
– Inspirisan delom Branislava Nušića, Paja Jovanović je stvorio sliku koja prikazuje atmosferu iz zatvora, istražujući teme društvene nepravde i ljudske patnje.
5 „Portret kneginje Zorke“ (1908):
– Portret kneginje Zorke Karađorđević, supruge kralja Petra I Karađorđevića. Ovaj portret odražava majstorstvo Jovanovića u slikanju portreta, sa naglaskom na detaljima odeće i izraza lica.
6. „Mrtva priroda s albanskim pismom“ (1912):
– Ovo delo kombinuje elemente mrtve prirode sa simbolikom albanskog otpora protiv Osmanskog carstva tokom Balkanskih ratova.
Paja Jovanović je stvorio mnogo drugih slika koje prikazuju različite teme, uključujući portrete, mitološke scene i žanr slikarstvo. Njegova dela često odišu patriotizmom, istorijskim interesovanjem i umetničkom virtuoznošću, čineći ga jednim od najznačajnijih slikara u srpskoj umetnosti.